1.病原學檢測

(1)涂片檢測衣原體包涵體：近年有報告用Papanicolaon染色法檢測沙眼衣原體包涵體，敏感性83%，方法簡便，是最常用的篩選方法，可用于高危人群的篩選。

(2)細胞培養(yǎng)法：認為是檢測沙眼衣原體的金標準，但費時，且要求一定的設備技術條件，難作為臨床常規(guī)檢測手段。

2.分子生物學方法
原位雜交法檢測宮頸或直腸活檢標本中沙眼衣原體DNA。亦可用PCR法檢測，可明顯提高檢測敏感性，且可用于鑒定其種及血清型，可用于診斷、療效判斷及流行病學調研，此方法檢出率高于其他方法。亦有報告用熱啟動聚合酶鏈反應(hot start PCR，HSPCR)，可明顯降低非特異性擴增，減少假陽性反應。